Leo, Raph, Mikey e Donnie sono delle tartarughe mutanti, alle quali il Maestro Splinter, un ratto sensei, ha insegnato l'arte del ninjutsu. Una volta emerse dalla loro tana nelle fognature, i rettili scoprono il sorprendente mondo della città di New York, e si trovano a fronteggiare criminali peggiori, e a gustare pizza molto migliore, di quello che avevano immaginato.

Combattendo contro Shredder, Kraang e molti altri mutanti con super-poteri, le tartarughe imparano a fare affidamento le une sulle altre, diventanto, pian piano, gli eroi che sono destinate ad essere.